Isu lain yang beredar adalah penggunaan material timbunan yang tidak sesuai dengan standar.
Berdasarkan spesifikasi proyek, batu bolder seharusnya digunakan untuk menjaga kestabilan konstruksi, namun diduga material tersebut diganti dengan tanah biasa.
Hal ini berpotensi menurunkan kualitas dan kestabilan konstruksi, yang pada gilirannya dapat berdampak buruk pada ekosistem dan kehidupan masyarakat sekitar.
Masalah baru yang semakin memperburuk keadaan adalah dugaan penggunaan bahan bakar solar non-subsidi yang diperoleh secara ilegal.
Polda Sulut dilaporkan telah mulai menyelidiki masalah ini, dengan sumber yang tidak ingin disebutkan namanya mengonfirmasi bahwa langkah-langkah sedang diambil untuk menertibkan penggunaan solar ilegal tersebut.
Selain itu, terdapat pula dugaan penggunaan material batu dari galian C yang tidak memiliki izin, yang semakin memperkuat kesan adanya kelalaian dalam pengawasan proyek.
Masyarakat setempat pun mulai mempertanyakan efektivitas pengawasan yang dilakukan oleh konsultan pelaksana, yakni PT Sarana Bhuana Jaya, PT Arga Pasca Rencana, dan PT Jasapatria Gunatama (KSO).
Proyek revitalisasi ini bertujuan untuk mengembalikan fungsi ekologis Danau Tondano yang rusak akibat sedimentasi dan pencemaran, serta mendukung ketahanan air dan sektor pariwisata di Sulawesi Utara.
